药用植物园始建于1950年，最初为药用植物种植圃，位于华西校区第三教学楼附近，植物品种来源于上世纪二、三十年代华西坝校园内逐年栽培积累的药用植物，由当时的华西协和大学药学系（今名“金沙威尼斯欢乐娱人城”）生药教研室负责栽培与管理。1958年，种植圃搬迁至钟楼荷花池附近的后坝区域，面积扩大至20亩左右，进而升级为药用植物园。2019年11月因学校用地需要，药用植物园搬迁至金沙威尼斯欢乐娱人城华西校区图书馆后，并于2020年7月建成竣工。
药用植物园内的品种资源是药学师生于全国各地采集药用植物回园栽植、驯化，经过几十年的努力才有目前的规模，是几代药学人共同心血的结晶。现今园内栽培药用植物800余种，主要以我国西南地区分布品种为主，其中不乏珍稀、名贵品种及川产道地品种，如：红豆杉、桫椤、水杉、金花茶等（珍稀品种、国家重点一级保护野生植物）， 人参、三七、川贝母、石斛、重楼、黄连、日本黄连、当归、日本当归等（名贵品种）， 川芎、川麦冬、川乌、川白芷、中江丹参、犍为黄丝郁金、川黄柏、川赤芍等（川产道地品种）。园区内栽培的药用植物主要根据植物的科属特征、自然生长特性及功能保护等进行合理布局，划分为阳生草本植物区、荫生植物区（乔木灌木区）、藤本植物区、水生植物区、名贵植物区、温室冷室区。
新建成的药用植物园不仅进一步优化了原有的资源保护、教学科研和学术交流等主体作用，同时也新增了科普、景观、休闲等综合功能，在一流学科建设、国际交流、社会服务等方面发挥着重要作用。
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